Program Pendidikan di Pesantren Al-Ma'tuq adalah jenjang Mutawassith (Setingkat SMP) untuk ikhwan/putra Markaz Al-Ma'tuq, akhwat/putri Markaz Al-Zamil dan tahfizh putri Markaz Al-'Afaf yang dilanjutkan ke jenjang Tsanawi (setingkat SMA) ikhwan dan akhwat di dalam Pesantren.
Lulusan Pesantren Al-Ma'tuq disamping memperoleh ijazah Pesantren juga mendapatakan ijazah Negara.
Pada tahun 2017, jenjang Tsanawi (setingkat SMA) mendapatkan Mu'adalah (akreditasi) dari univerisitas Islam Madinah Kerajaan Saudi Arabia (KSA).
VISI DAN MISI
VISI: Pesantren yang menyelenggarakan pendidikan Islam secara optimal,
pada tingkat menengah, untuk melahirkan generasi yang unggul
dalam aqidah, ibadah, dan akhlak secara integral, memiliki wawasan internasional, dan mampu menghadapi tantangan global.
MISI:
Menyelenggarakan pendidikan Islam yang berkualitas untuk memenuhi kebutuhan dan harapan umat.
Menyelenggarakan pendidikan Islam sesuai metode dan pemenuhan sarana yang dapat memenuhi tuntutan perkembangan terkini.
Menanamkan Aqidah ahlusunnah serta membina ibadah yang benar dan Ahlak yang mulia kepada santri sesuai pemahaman Salafusshalih.
Menanamkan cinta kepada Al-Quran, Sunnah, Bahasa Arab, dan seluruh ilmu syar’i sebagai pembangkit semangat dakwah untuk memperbaiki kondisi umat.
Membekali peserta didik dengan keterampilan hidup agar mampu mandiri dan siap menghadapi tantangan zaman.
Menanamkan kecintaan terhadap Negara Kesatuan Republik Indonesia (NKRI)
Menanamkan sikap dan perilaku cinta lingkungan dan selalu berupaya mengurangi dampak pencemaran terhadap lingkungan.
KOMPENTENSI LULUSAN
HAFALAN
Hafizh Qur’an 30 juz.
AQIDAH
Memahami aqidah Ahlussunnah wal jama’ah sesuai dengan pemahaman Salafusshalih.
ILMU SYAR'I
Memahami ilmu-ilmu syar’i sesuai dengan pemahaman Salafusshalih.
KOMUNIKASI
Mampu berkomunikasi dengan Bahasa Arab dan Inggris dengan baik.
PIDATO
Mampu berpidato dengan Bahasa Indonesia, Arab dan Inggris.